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La presencia de los primeros judíos en el territorio actual de Rumania ya se había señalado desde el período de la Dacia Romana, hecho debido al alistamiento de gentes de origen judío en las legiones romanas y sus tropas auxiliares. Hay indicios arqueológicos que muestran cómo algunos manufactureros llegaron acompañando estas unidades del ejército. Los primeros documentos que atestiguan a los judíos de Transilvania datan de la regencia de Ladislao I y Coloman (los siglos XI y XII) en donde se muestran harto hostiles a ellos. Béla IV adoptó en 1251 medidas de relativa rehabilitación para con la comunidad judía, factor que estimuló que los judíos se asentaran en Hungría (incluyendo Transilvania).

Los primeros casos de persecución de los judíos se registraron a principios del siglo XVI. A Mihai Viteazul (Miguel el Valiente), quien en 1593 se coronó Príncipe de Los Países Rumanos con el apoyo de la Sublime Puerta, la población griega, judía y turca de Constantinopla le costeó sus campañas militares. Después de haber subido al trono, convocó a todos sus acreedores y los mató hasta el último. El 11 de Agosto del 1601 entró en Cluj junto con el general Basta, y quitó la vida a los judíos y anabaptistas lugareños, prendiendo fuego a la ciudad. Los judíos sufrieron al igual bajo el Príncipe Segismundo Bathori, quien les echó la culpa de haberse coligado con Mihai Viteazul. En Transilvania, durante el siglo XVII, bajo las potentes influencias del espíritu reformista, el Príncipe Gabriel Bethlen (1613-1629) instó a los mercaderes judíos del Imperio Otomano que se asentasen para reavivar el comercio. Más tarde, después de la integración de Transilvania en el seno del Imperio Habsbúrgico (1691), los judíos transilvanos ampliaron sus relaciones comerciales hacia el Occidente. Los emperadores de Austria no favorecían a los comerciantes hebreos, en virtud de lo cual a partir de 1700 se les prohibió afincarse en las inmediaciones de las ciudades mineras. Des de 1736, los judíos ya no tenían el derecho de importar mercancías de Alemania o Polonia. Las ordenanzas municipales de la ciudad de Alba Iulia estipulaban en 1741 que a los judíos se les concediese vivir dentro de la ciudad sin el derecho de arraigo. La vida de los judíos comunes carecía a menudo de seguridad: hubo pogromos en Marghita, las Montañas del Ciuc, y Maramures. El Parlamento húngaro adoptó en 1867 el proyecto de ley sometido por el Barón Eötvös József, según el cual los habitantes israelitas de todo el país gozasen de los mismos derechos civiles y políticos que sus conciudadanos cristianos. En 1895 se le reconoció a la confesión judaica las mismas prerrogativas que a las demás religiones. Testimonios sobre la organización de las primeras comunidades hebreas de los Países Rumanos se hallan en varios documentos, crónicas y apuntes de viaje, comenzando desde el siglo XVII. Como consecuencia de las persecuciones iniciadas en la misma época en algunos de los países occidentales (sobre todo España y Portugal), se intensifica el asentamiento de los judíos expulsados (en su mayoría, sefardíes) dentro del Imperio Otomano y después también en los Países Rumanos, siendo principalmente llamados para (re)poblar las aldeas y lugares, y desarrollar el comercio. La aparición de los primeros judíos en Moldavia se relaciona con la rebelión de los cosacos ucranianos del año 1648. Edictos, ordenanzas y demás actas oficiales expedidas por las autoridades rumanas han afianzado el funcionamiento de las primeras comunidades mosaicas y, simultáneamente, la libertad de practicar la creencia y los preceptos religiosos, el reconocimiento de los sanedrines, la creación de los institutos específicos de enseñanza, beneficencia y salud. La Tesorería del Estado, interesada en cobrar tributo a los judíos, los equipara con fines fiscales a un supuesto gremio ya des de los tiempos del Príncipe Constantin Brîncoveanu. En Moldavia, en fuerza de una decisión tomada por la Sublime Puerta, en 1719 se pone en uso el oficio llamado "hahambasie" - es decir, el cargo de rabino en jefe de Moldavia. La ocupación rusa de los Países Rumanos entre 1806 y 1812 también ha propiciado la  penetración de un número cuantioso de hebreos, llegados mayormente como proveedores del ejército. En los años siguientes, entran cada vez más judíos en el país, a consecuencia de las persecuciones sufridas en el Imperio Zarista y en Polonia.
El Tratado de Berlín, firmado el 28 de Julio del 1878 por las Grandes Potencias, obliga al Gobierno de Bucarest a modificar el artículo 7º de la Constitución para acordar la ciudadanía y, por ende, los derechos políticos y civiles a todos los judíos de Rumania. Sin embargo, la emancipación política de la población  israelita llega a ser efectiva con la Unificación del Estado Rumano en 1918, y cuyo compromiso incluido en el marco de los derechos de todas las minorías en virtud de la Constitución aprobada en 1923 condujo a la unificación de las comunidades judías de Valaquia y Moldavia en la Federación de las Uniones de las Comunidades Judías (1928). La Constitución de 1923 les otorga los derechos civiles y políticos hasta la instauración del régimen Goga-Cuza (el 28 de Diciembre del 1937).

Bajo el régimen totalitario de Rumania durante el período comprendido entre 1940 y 1944 o el de la parte ocupada de Transilvania por las fuerzas de la Hungría horthyista, acontecieron numerosos despojos forzosos de los bienes judíos y la deportación de sus propietarios a Transnistria. El comienzo de la guerra en contra de la Unión Soviética marcó el paso a acciones de una brutalidad mucho más extensa. Tuvo lugar una serie de pogromos (en Iasi, con aproximadamente 4,000 víctimas, u otros sitios ubicados en Besarabia y Bucovina).
Los judíos de Bucovina y Besarabia - 185,000 - fueron llevados a la fuerza a los campos de exterminio de Transnistria. Aunque las opiniones de los históricos no siempre concuerdan, se puede apreciar que hasta el mes de mayo del 1942, en torno a dos tercios de los deportados de los campos de exterminio de Transnistria  habían sido matados. En el otoño del 1942, cuando los preparativos de la deportación de los judíos de Rumania a Polonia estaban ya concretadas, el Gobierno rumano cambió bruscamente de rumbo y renunció a esta medida. Después y paulatinamente se fueron quitando las instalaciones de los campos de concentración de Transnistria. El 19 de Marzo del 1944, Hungría fue ocupada por las tropas alemanas. Su nuevo gobierno aceptó aplicar la "solución final" y, en un intervalo sumamente corto, los judíos fueron concentrados en guetos (existieron centros en Oradea, Sighet, Cluj, Baia Mare, Tirgu-Mures, Dej), luego pasando rápidamente a las deportaciones (más de 150.000 judíos fueron deportados de la Transilvania Norte). Es acongojador saber que los rumanos persiguieron a los judíos de Transilvania so capa de ser "húngaros", mientras los húngaros los acusaban de ser "rumanos".